福州第六中学创办于1947年，前身林森县第二中学。1950年6月福州市人民政府接管学校，改校名为福州市立二中，1952年9月定名为福州第六中学。
60年来学校风雨兼程、艰苦创业，从无到有、从小到大，经过几代人的艰辛努力，积累了丰富的办学经验、厚重的人文精神和校园历史文化。60年的办学经验，厚重的人文精神和校园文化积淀，铸就了“厚德、博学、健体、强能”的校训和“团结、活泼、勤奋、进取”的校风。
60年求索奋斗，培养了数万名毕业生，活跃在建设祖国保卫祖国的各条战线上，创造了不凡的业绩。福州六中有一支业务精、肯奉献的教师队伍。1954年秋学校升格为完全中学， 1957年首届高中毕业生就打响了高考的第一炮，产生了良好的社会效应。
80年代，六中在“发展学生、发展教师、发展学校”的办学思想指引下，全面实施素质教育，结出累累硕果。九十年代为了发挥优质师资队伍的引领与带动作用，六中参与了协办平民中学。平民中学以平等、平和、平静、平实的办学特色为六中普教增添了光彩。
几年来，学校先后多次荣获“文明学校”、“先进教改实验学校““中小学实施素质教育工作先进学校”、“安全生产工作先进单位”、“暑期青少年教育工作先进单位”、“ 红旗团委”、“学习雷锋、志愿服务先进集体”、“优秀‘青少年维权岗’”、“民主管理先进单位”、省“先进教工之家”、福州市“四率”评比先进学校等荣誉称号。