琼山中学创办于一九一三年四月十五日。系由民国初年的琼山县县立第一高等小学发展而成。而后又合并琼山县县立师范学校。上述两之踪迹，则源于宋明年间的琼崖“雁峰书院”。 明代名臣丘浚和海瑞二公曾求于雁峰书院。雁峰原位于府城南门，原地称“琼庠”，对面有个三元峰，因常有雁群聚栖，当时在此读书的丘浚便作《雁聚琼庠记》。后人遂取名“雁峰书院”。清朝末年，由于时代思潮的冲击，科举制度被废除，各地书院相继改为学校，雁峰书院当时也改为雁峰两等小学（即高等和初等小学）。不久又改为高等小学，这就是琼山中学的前身。
一九一一年，雁峰高等小学在校长曾对颜先生的领导下发展迅速，规模不断扩大，学校声誉日高。一九一三年遂奉命改为琼山县县立第一高等小学，由当时的琼山县开明绅士张瑞銮任校长。张校长到任不久，就在第一高等小学的基础上着手创办琼山县县立中学（附设小学部）。张瑞銮升任中学校长。确定四月十五日为学校创办日。
中学创办初期，校舍紧缺，为解决这一困难，一九一四年经当时琼山县县长蒋宗堪裁决，将中学部和小学部分开，中学部暂代府城古楼附近的苏泉书院为校址。一九一七年，为适应全县小学迅速发展的需要，社会上热心教育的人士便将小学部改为县立师范学校，并将琼崖工业学堂洋楼拆掉，在清代中军游击府遗址新建校舍（该校现校址的东侧）。县立师范学校及附属不学但从雁峰书院迁入新址。一九二二年，琼山县立中学也因苏泉书院校址窄小，难展宏图，且系借用之地，非长久之计，后经 省府批准，将当时破烂不堪的琼州府
旧府署修缮一新，于当年十一月十一日兴校迁入新校址（现校址）。然而，由于与县师范只是一墙之隔，教学和生活安排都颇感不但，一九二六年二月，县教育会长李春荣便呈报省教育厅批准，将两校合并。一九三一年，师范班和小学班停止招生，琼山中学便成为单纯的普通中学。在师生员工的鼎力奋斗下，学校生机勃发，规模不断扩大，此段发展变迁延至一九三七年。
不幸的是，当时日敌侵华，国难当头，民族面临危亡，府城屡遭日几机轰炸骚扰，为师生安全计，学校迁至琼山县龙塘墟（现龙塘镇）。一九三九年海南沦陷，学校-停课。自雁峰书院以来
所积存的贵重书籍和资料，师生档案及教学设备等，在日寇的铁蹄下荡然无存，几经沧桑而发展起来的琼山中学，也跟灾难深重的祖国一道，惨遭浩劫。学校虽然提课，但琼中的学子们为了追求知识和真理，仍几个人、十几人乃至几十人自动聚在一起，分散在各地继续学习，其精神令人钦佩。
一九四五年抗战胜利，县长陈哲委任陈继福为校长，组织琼山中学在甲子墟复课。校址设在甲子墟的小学里，分散在各地的师生陆续返校。是年十一月，学校从甲子迁至海口市西门外竹林村的原日伪琼 崖女子一中校址。一九四六年上半年又从海口迁回府城原址，并多方发动社会力量集资，整修校舍。当
时的县0和县公产整理委员会陆绣轩、王先生等都给予大力资助。至一九四九年，学校发展已具相当规模。初中已招76个班，高中部已招10个班。
一九五零年五月海南解放，琼山县人民政府派员接管琼山中学，在新校长未委派之前，由梁朝栋（冯白驹将军当年的老师）、曾祥鹏、吕承徽等五位老师组成校务委员会，负责学校行政事务。八月，海南文教处派王运应接任校长。
此后，在党和人民政府的重视下，县委书记兼县长王月波极为关心并大力支持琼山中学办学。学校诸多困难得到解决，师资队伍不断充实，校舍每学期都有所扩建，学校图书馆藏书下下子增至5000多册，各类教学仪器也有400多件，教学质量显著提高。一九五一年，海南文教处举办作文、歌咏、美术、演讲、壁报和足、排、篮球等比赛，我琼山中学学生均名列前茅。
一九五二年五月，琼山中学随琼山县人民政府一起迁往岭脚。但由于那里岭高地僻，交通不便，各方面条件都较差，一九五五年五月，一段稳定发展的时期，办学质量有明显提高。杨兹楠考上清华大学，吴坤定等一批学生分别考取北大、复旦等全国名牌大学生。
一九五八年十二月一日，琼山县同海口市实行市县合并，学校遂改名为海口市第三中学。一九五九年十月十八日，琼山复县，学校又复名为琼山中学。至此，琼山中学几经迁址和易名，应该是立稳脚跟等展宏图了。
然而，一九六六年下半年，全国发起“文革”，学校发展又遭挫折。与全国各地一样，学校“停课闹革命”。一九六六年下半年学校又改名为“海南前哨中学”，一九六九年下半年才复名为琼山中学。时至一九七六年，学校正常的教学秩序才得到真正的恢复，学校开始迅速发展。一九七八年原教学大楼落定，各方面的办学条件得到很大的改善。一九七八年，学校被定为琼山县重点完全中学，师资力量得到调整和充实，学校的教学质量和办学成绩都显著提高，声誉日益提高，影响不断扩大。
中国共产党第十一届三中全会以后，特别是改革开放海南建省办大经济特区以来，琼山中学更是迅猛发展。学校的校容校貌建设和办学条件，从根本上得以改变。由琼山县政府拨款，一九八四年建成科学馆，一九八六年建成图书馆。一九八五年由著名校友杨兹楠捐赠人民币柒万元建成新校门，同时捐赠人民币伍万元设立“杨兹楠奖学金”。一九八八年由旅港乡
亲黄有雄先生捐资人民币捌万元建成“有雄楼”、由旅港乡亲、校友黄奕金先生出资人民币叁万元建成两个读书亭——“敬师亭”和“校友亭”；一九九二年由台胞吴乾华先生捐资港币肆拾万元建成乾华楼；一九九三年由琼山市洗笃信先生赞助人民币捌拾万元建成笃信艺术馆，符昌海先生和云龙镇政府分别捐赠人民币伍万元建成昌海廊和云龙廊；一九九四年由琼山县人民政府拨款三百万元改造大操场，建起宏伟壮观的司礼台和标准的三百米八道跑道，改造了全校的排水系统，彻底解决了大操场常年积水淤泥问题；一九九二年至一九九七年学校男女学生装宿舍楼、商品公寓楼、第4至第8栋教工宿舍楼相继落成；琼山市青年企业家郑先平先生向学校赞助人民币壹佰伍拾万元，用于改造校道，装备校文工团等。郑先平先生被琼山市人民政府聘为琼山中学名誉校长。由琼山市人民政府拨款捌佰万元，琼山市青年企业家许振发先生赞助壹佰伍拾万元，学校自筹壹佰伍拾元筹建，一九九九年九月二十九日剪彩落成全省一流的新教学楼；同年十二月，学校自筹壹佰贰拾万元改造学生食堂。从根本上改变了学生零散用餐的历史，为学生提供了卫生条件好的食堂，用餐舒适的餐厅。社会上关心教育的人士和广大校友都对琼山中学办学给予支持。自此，学校的办学硬件已具备相当规模，教育质量也一年比一年提高。
一九九二年升入各类大专院校的学生人数突破三百人大关，此后每年高考升学率一年比一年提高。很多品学兼优的学生考入清华大学、北京大学、中国人民大学、复旦大学、武汉大学、中山大学等全国名牌大学，二000年许敏考入北京大学，二000一年何贤超、陈定佳考入清华大学。中考成绩也一直居琼山市前茅；近10年间学生参加全国、全省学科竞赛有438人次获奖。学校男子排球89至91年连续三年获得全国中学生“振兴中华杯”排球赛第二名，在省内比赛也一直居于第二名的位置上；二00一年夺得海南省中学生排球锦标赛冠军，并受海南省教育厅委托，组队代表海南省中学生参加全国中学生第八届运动会，在排球预赛中以全胜的成绩夺得第一名，在决赛中夺得第三名。创造了海南省中学生参加全国中学生历届运动会的最好成绩。学校文艺队、歌咏队多次获得省比赛的好名次，在海府地区享有很好的声誉；教师的教学论文、公开课评优课-也多篇多人多次获全国和省的奖励，显示了高水平的师资实力。学校一九九二年被国家教委收录入《中国名校》一书。学校自一九九三年来，多次被评为海南省文明单位，卫生工作先进单位。
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